博物馆常常受到地方政府经济建设总体目标的影响，把门票收入摆在首要位置，甚至主动和旅游部门相联系，以追逐经济利益为主要目标，忽视文物保护的重要性，国家有关文物保护的法律与法规难以有效实施，文物保护与管理工作失控。
博物馆藏文物的保护与管理人员配备不足，常常是一人兼多职，而现有的文物保管人员业务方面的熟练程度存在着较大差异，缺乏文物保护方面的专门培训。此外，文物保护的硬件设施简陋，工作设备与工作场所得不到保障，文物库房比较狭小，并且库房的防虫、防霉设备以及温度、湿度的条件难以达到科学的标准。
若要从其他渠道申请文物保护经费也非常困难。由于经费短缺，许多重要文物不能得到有效的保护和修复，只能任其损坏，文物保护人员的积极性也难以提高; 更重要的是，许多民间流散的文物不能及时回收，造成文物的流失。
